Vạn Ninh nằm ở phía bắc của tỉnh Khánh Hoà, phía nam dãy Đèo Cả - Vọng Phu. Giáp các huyện Đông Hòa, Tây Hòa, Sông Hinh của Phú Yên về phía Bắc và phía Tây, giáp thị xã Ninh Hòa về phía nam
Tổng diện tích tự nhiên của huyện là 550km², với khoảng 75% là rừng. Tổng dân số là 129.578 người. Dân cư sống chủ yếu bằng nông nghiệp, ngư nghiệp và lâm nghiệp.
Huyện có một số khoáng sản như cao lanh (ở Xuân Tự), cát trắng (ở Đầm Môn), sa khoáng imenit (ở Vĩnh Yên - Hòn Gốm), đá granit (ở Tân Dân), vàng (ở Xuân Sơn).
Mũi Đôi tại bán đảo Hòn Gốm, vịnh Vân Phong, xã Vạn Thạnh, Vạn Ninh, Khánh Hòa là điểm cực Đông trên đất liền của Việt Nam. Nơi đón ánh Mặt Trời đầu tiên trên toàn lãnh thổ Việt Nam (Đông Dương và cả Đông Nam Á lục địa). Nơi này đã được Bộ Văn hóa Thể thao và Du lịch công nhận là di tích quốc gia.
Huyện Vạn Ninh trước kia là huyện Quảng Phước thuộc phủ Thái Khang, được thành lập năm Thịnh Đức thứ nhất (1653), đến năm 1690, phủ Thái Khang đổi thành phủ Bình Khang gồm 2 huyện Quảng Phước và Tân Định. Năm Gia Long thứ hai (1803) phủ Bình Khang đổi thành phủ Bình Hòa. Năm Minh Mạng thứ mười hai (1831), phủ Bình Hòa lại đổi thành phủ Ninh Hòa, gồm các tổng: Phước Tường Ngoại, Phước Tường Nội, Phước Thiện, Phước Hà Nội, Phước Hà Ngoại, Phước Khiêm.
Sau khi Pháp xâm lược Việt Nam, Pháp đã mở đường 21, nối liền Buôn Ma Thuột với huyện Tân Định và cảng Hòn Khói, nền kinh tế Tân Định trở nên phồn thịnh. Pháp lại đổi tên huyện Tân Định thành phủ Ninh Hòa, cắt 3 tổng của huyện Quảng Phước là Phước Khiêm, Phước Hà Nội, Phước Hà Ngoại nhập vào phủ Ninh Hòa (huyện Ninh Hòa ngày nay). Phủ Ninh Hòa cũ đổi thành huyện Vạn Ninh ngày nay.
Từ năm 1945 trở về trước, huyện Vạn Ninh có 3 tổng: Phước Tường Nội, Phước Tường Ngoại, Phước Thiện.
Đầu năm 1946, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chủ trương thành lập đơn vị hành chính cấp xã, huyện Vạn Ninh thành lập được 8 xã. Phước Thiện có 3 xã: Phước Đông, Phước Trung, Phước Tây; Phước Tường Nội có 3 xã: Đồng Xuân, Đồng Tiến, Đồng Hòa; Phước Tường Ngoại có 2 xã: Liên Hưng, Liên Hiệp.
Đến năm 1956, chính quyền Việt Nam Cộng hòa cắt tổng Phước Thiện nhập vào huyện Ninh Hòa.
Năm 1976, Vạn Ninh và Ninh Hòa hợp nhất thành huyện Khánh Ninh. Ngày 23-10-1978, Chính phủ ra Quyết định số 268-CP thành lập thị trấn Vạn Giã. Năm 1979, Khánh Ninh lại được tách ra làm 2 huyện Ninh Hòa và Vạn Ninh cho đến ngày nay. Tháng 12-1993, Nghị quyết kỳ họp thứ 4 Quốc hội khóa IX điều chỉnh ranh giới giữa 2 tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa, thôn Vũng Rô (thuộc xã Đại Lãnh) được tách ra khỏi huyện Vạn Ninh, Tỉnh Khánh Hoà) để sáp nhập vào xã Hoà Xuân, huyện Tuy Hòa (tỉnh Phú Yên)
Sau khi Pháp xâm lược Việt Nam, Pháp đã mở đường 21, nối liền Buôn Ma Thuột với huyện Tân Định và cảng Hòn Khói, nền kinh tế Tân Định trở nên phồn thịnh. Pháp lại đổi tên huyện Tân Định thành phủ Ninh Hòa, cắt 3 tổng của huyện Quảng Phước là Phước Khiêm, Phước Hà Nội, Phước Hà Ngoại nhập vào phủ Ninh Hòa (huyện Ninh Hòa ngày nay). Phủ Ninh Hòa cũ đổi thành huyện Vạn Ninh ngày nay.
Từ năm 1945 trở về trước, huyện Vạn Ninh có 3 tổng: Phước Tường Nội, Phước Tường Ngoại, Phước Thiện.
Đầu năm 1946, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chủ trương thành lập đơn vị hành chính cấp xã, huyện Vạn Ninh thành lập được 8 xã. Phước Thiện có 3 xã: Phước Đông, Phước Trung, Phước Tây; Phước Tường Nội có 3 xã: Đồng Xuân, Đồng Tiến, Đồng Hòa; Phước Tường Ngoại có 2 xã: Liên Hưng, Liên Hiệp.
Đến năm 1956, chính quyền Việt Nam Cộng hòa cắt tổng Phước Thiện nhập vào huyện Ninh Hòa.
Năm 1976, Vạn Ninh và Ninh Hòa hợp nhất thành huyện Khánh Ninh. Ngày 23-10-1978, Chính phủ ra Quyết định số 268-CP thành lập thị trấn Vạn Giã. Năm 1979, Khánh Ninh lại được tách ra làm 2 huyện Ninh Hòa và Vạn Ninh cho đến ngày nay. Tháng 12-1993, Nghị quyết kỳ họp thứ 4 Quốc hội khóa IX điều chỉnh ranh giới giữa 2 tỉnh Phú Yên và Khánh Hòa, thôn Vũng Rô (thuộc xã Đại Lãnh) được tách ra khỏi huyện Vạn Ninh, Tỉnh Khánh Hoà) để sáp nhập vào xã Hoà Xuân, huyện Tuy Hòa (tỉnh Phú Yên)
